El museo también ofrece diversas exposiciones arqueológicas con aproximadamente 2.000 objetos que pertenecen a las culturas precolombinas de la Costa y las regiones andinas; colecciones de arte de la colonia como pinturas, retratos, monedas, entre otros.

En la entrada principal tiene un mural de cerámica esmaltada diseñado por un famoso artista de Guayaquil; también hay sillas de cultura Manteño – Huancavilca en la entrada.

La sala prehispánica es otra atracción, que muestra el desarrollo de la gente de la Costa; también hay un monolito antropomórfico, la “piedra de los sacrificios” que ha estado en el museo desde su inauguración, y un totem de madera de Guasango de 32 figuras talladas.

El vehículo clásico que perteneció al Dr. Pedro Carbo Noboa, ciudadano de Guayaquil y las piezas prehispánicas son otros atractivos del Museo.